一ヶ月くらいトラックバックが０なので少しだけ変だなぁと思ってはいたのですが・・・スパム対策でMT Blacklistを入れたときからトラックバックができなくなっていたようです。コメントのテスはしたのですが、トラックバックのテストはしてなかった（泣）
無事復旧しました。
そもそもMT Blacklistを導入した経緯等については、*nisshi.jp: コメントスパム対策の通りなのですが、Milano::Monolog: MT-Blacklistを使用した場合の文字化け対策を適用するにあたって、ソースをブラウザから直接コピぺしたいたために、空白と見える部分に何か半角スペース以外が入ってたみたいです。MT Blacklistを導入したらトラックバックができなくなった、という方は一応チェックしてみては。